O Mestrado em Ecologia e Gestão Ambiental é um Mestrado de 2 anos (120 ECTS).

O primeiro ano consiste na frequência de um conjunto de unidades curriculares obrigatórias e opcionais (60 ECTS). As disciplinas do Mestrado podem ser lecionadas em módulos sequenciais ou ao longo do semestre. Quando lecionadas em módulos, as unidades curriculares de 6 ECTS têm a duração máxima de 3 semanas e as disciplinas de 3 ECTS de 1,5 semanas.

No segundo ano , os alunos realizam uma Dissertação, Trabalho de Projeto ou Relatório de Estágio (60 ECTS), na FCUL ou noutra instituição, em regime de coorientação.

No fim do segundo ano, o trabalho final é objeto de apreciação e discussão pública por um júri.